Ο παπαΘύμιος Βλαχάβας

Τότε έγινε συνέλευση στο Καρπενήσι των αρματολών και ο Βλαχάβας μίλησε για οργανωμένη αντίσταση ενάντια στο σχέδιο του Αλή και για την απελευθέρωση της Ελλάδας. Το 1806 που κηρύχθηκε ο ρωσοτουρκικός πόλεμος, ο Βλαχάβας αναδείχτηκε με τους αγώνες του εναντίον των Τούρκων.

Ο Αλή πασάς με ισχυρές δυνάμεις τον καταδίωξε και έτσι αναγκάστηκε ο Βλαχάβας, ο Νικοτσάρας, ο Σταθάς κ.ά. να καταφύγουν στη Σκιάθο. Εκεί το 1807 κατασκεύασαν πειρατικό στόλο από 70 πλοία, που έκανε επιθέσεις στα τούρκικα πλοία.

Το 1808, ενώ συνεχιζόταν ο ρωσοτουρκικός πόλεμος, ο Βλαχάβας με την υποκίνηση των Ρώσων και σε συνεννόηση με τον ηγεμόνα των Σέρβων Καραγεώργη, συγκάλεσε συνέδριο των αρχηγών των αρματολών και εκλέχτηκε γενικός αρχηγός τους. Τότε κατάρτισε σχέδιο επανάστασης της Στερεάς και ζήτησε και τη βοήθεια των δυσαρεστημένων Τούρκων της Λάρισας και των Τρικάλων, οι οποίοι καταπιέζονταν από τους Αλβανούς του Αλή πασά.

Ημέρα εξέγερσης ορίστηκε η 29η Μαΐου 1808, αλλά το σχέδιο στην αρχή του ακόμα προδόθηκε από τον αρματολό του Μέτσοβου Ντεληγιάννη. Ο Βλαχάβας είχε τοποθετήσει τον Ντεληγιάννη και τον Ευθύμιο Στουρνάρη στα στενά Μέτσοβο και Καλλαριτών, για να εμποδίσουν τους Αλβανούς. Επίσης οχύρωσε το μοναστήρι στα Μετέωρα. Ο Αλή πασάς, έστειλε αμέσως το γιο του, Μουχτάρ, να καταδιώξει το Βλαχάβα. Αυτός έκανε επίθεση στους αδερφούς του Βλαχάβα, Θεόδωρο και Δημήτριο, στο Καστράκι, κοντά στα Μετέωρα, καθώς και στη γέφυρα Μπαμπά. Η σύγκρουση που ακολούθησε ήταν φονική. Ο Βλαχάβας έφτασε στον τόπο της μάχης, μαζί με 500 άντρες, όταν πια είχε συντελεστεί το κακό και είχε σκοτωθεί ο αδερφός του Θεοδωράκης και οι άνδρες του. Μετά από την καταστροφή αυτή ο Βλαχάβας πήρε 200 άντρες και ανέβηκε στον Όλυμπο. Από εκεί πήγε στη Σκόπελο και κατασκεύασε πάλι πειρατικό στόλο. Η Πύλη, αργότερα υποσχέθηκε γενική αμνηστία στους αρματολούς, και όλοι επέστρεψαν στις θέσεις τους.

Ο Βλαχάβας καταζητούνταν από τον Αλή επίμονα και γι' αυτό το σκοπό ο Αλή μεταχειρίστηκε πλαστή επιστολή, γράφοντας ότι τον καλούσαν σε συνάντηση οι Λαζαίοι. Ο Βλαχάβας ανύποπτος πήγε και αιχμαλωτίστηκε από τους Τούρκους, οι οποίοι τον παράδωσαν στον Αλή στα Ιωάννινα, ο οποίος διέταξε του δήμιους του να του σπάσουν τα κόκαλα και να τον κομματιάσουν στα τέσσερα. Κρέμασαν μάλιστα από ένα κομμάτι σε τέσσερα σημεία των Ιωαννίνων για να τρομοκρατηθούν οι Έλληνες κάτοικοι.

Στα Τρίκαλα λειτούργησε η περίφημη Σχολή Τρίκκης από το 1543 έως το 1854, με μικρές διακοπές, στον παλαιό ναό της Αγίας Επισκέψεως, όπου δίδαξαν ονομαστοί δάσκαλοι. Το 1856 μεταφέρθηκε μαζί με τη βιβλιοθήκη στο μοναστήρι του Αγίου Βησσαρίωνα ή Δούσικο και ονομάστηκε Ελληνική Σχολή.

Ο Άγγλος περιηγητής Holland επισκέφτηκε την πόλη των Τρικάλων το 1812 βρήκε 2000 κατοικίες με 10-20000 κατοίκους  εκ των οποίων 600-700 ελληνικές οικογένειες. Τότε υπήρχαν 10 εκκλησίες, 7 τζαμιά, 2 εβραϊκές συναγωγές και 2 μικρά σεράγια. Η αναφορά αυτή δείχνει ότι, σε αντίθεση με άλλες πεδινές περιοχές της χώρας όπου κυριαρχούσαν οι τούρκοι εκδιώκοντας τους χριστιανούς προς τις άγονες ορεινές περιοχές, στα Τρίκαλα το ελληνικό στοιχείο παρέμενε πάντα αριθμητικά και πολιτισμικά δυναμικό. Τα Τρίκαλα διέθεταν έλληνες γιατρούς σπουδαγμένους στην Ευρώπη και ενημερωμένους για τις ιατρικές εξελίξεις της εποχής. Επίσης στα Τρίκαλα λειτουργούσε σχολή που δίδασκαν επιφανείς δάσκαλοι.

Τα Τρίκαλα ελευθερώθηκαν το 1881, αλλά μετά τον ατυχή πόλεμο του 1897 περιήλθαν ξανά στους Τούρκους ως το 1898, οπότε επανενώθηκαν με τον εθνικό κορμό οριστικά, ύστερα από επαναστάσεις, αγώνες και θυσίες αιώνων. Το χωριό Γριζάνο (πρώην Γκριζάνο ή Βλυζάνο ονομασμένο ετσι προς τιμήν του βασιλεά Βλύζα της περιοχής εκείνης ) αποτέλεσε τα σύναρα της ελεύθερης Ελλάδος από το 1898 εως το 1911.